Hva molekyler kan si om våre forfedre
Def: Et slektskapstre eller en fylogeni er en grafisk framstilling av slektskapsforhold mellom organismer. Nålevende organismer vises som endepunkter på treet, mens antatte forfedre vises i forgreiningspunktene.
Sammendrag: Molekylære slutninger om hvalens avstamning er i konflikt med morfologiske (anatomiske) slutninger. Molekylære fylogenier fra dyrerekkene er i konflikt med hverandre. Ufullstendigheten i mange molekylære fylogenier har fått mange biologer til å forlate idéen om en felles stamfar. I det store og hele er hovedproblemet innen molekylær fylogeni at de formoder den felles avstamning de gir seg ut for å bevise. Avstamning med endring fra en felles stamfar, må leses inn i molekylene, som i seg selv ikke sier noe nytt eller dypsindig. Som bevis for darwinismen er ikke molekylær fylogeni noe bedre enn å lese framtiden ut av dyrs innvoller.
Innledning:
Siden fossiler eller embryoer ikke kan vise oss relasjoner om avstamning nedenfra, så kan ikke avstamning fra en felles stamfar sluttes ut fra disse. Moderne darwinister har siden midten av forrige århundre i stigende grad vendt seg til molekylær biologi for å bringe tilveie de bevisene. I 1999 kom det ut en tynn brosjyre fra U.S. National Academy of Sciences som hevdet: "Beviset for evolusjon fra molekylær biologi er overveldende, og vokser raskt. I noen tilfeller gjør molekylære bevis det mulig å gå bakom paleontologisk materiale. F.eks. har det lenge vært hevdet at hvaler nedstammet fra land-pattedyr som hadde returnert til sjøen." Nyere genetiske sammenligninger"har bekreftet denne relasjonen." (1)
E. Haeckel oppfant ordet 'fylogeni' for å referere til evolusjonistisk histore til en gruppe organismer. Om evousjonært slektskap er begrunnet ut fra sammenligninger av molekyler -DNA, RNA eller proteiner, så kalles det resulterende mønsteret en 'molekylær fylogeni'. I følge D. J.Futuyamas bok fra 2005 "Evolution":"Molekyylære fylogenese støtter mange av relasjonene som lenge har vært postulert fra morfologiske (anatomiske) data. Disse to datasettene er helt uavhengige, så deres korrespondanse rettferdiggjør tillit til at relasjonene er reelle." (2)
Likevel er det seriøse inkonsistenser mellom molekylære og morfologiske bevis. Det er t.o.m. alvorlige inkonsistenser mellom ulike analyser fra molekylære data. Langt fra å løse darwinismens problem med bevis, så har molekylær fylogeni forøket det. I 1960-årene foreslo E. Zuckerkandl og L. Pauling at evolusjonshistorien kunne rekonstrueres ved å sammenligne organismer på molekylært nivå. Bortsett fra noen spesielle DNA-sekvenser, som er atskillig tusen år gamle, kommer alle molekyler fra nålevende organismer. (3)
Molekylær fylogeni
Alle organismer, fra bakterier til mennesker, inneholder DNA, RNA og proteiner. Disse molekylene består av sekvenser av underenheter, men den eksakte sekvensen varierer fra den ene organismen til den neste. Molekylær fylogeni sammenligner disse sekvensene for å slutte om evolusjonære sammenhenger. DNA, RNA og proteiner som atskiller seg fra hverandre bare med noen få underenheter, antas å være mer nært beslektet enn enheter som skiller seg via mange. En tiltrekkende egenskap ved molekylær fylogeni er at den er veltilpasset kvantitative målinger. En kan f.eks. telle opp antall identiske underenheter i to ulike DNA-sekvenser. Siden alle levende celler bruker molekylære fabrikker (ribosomer) for å danne proteiner, har molekylær fylogeni støttet seg tungt på sammenligninger mellom molekylene i ribosomene. Den mest populære av disse har vært 18s rRNA, der 18 refererer til størrelsen på molekylet og r står for ribosom (RNA).
I prinsippet skulle det være enkelt å 'line opp' 18s rRNA fra ulike organismer, beregne graden av likhet og bruke tallene til å tegne evolusjonære tre.. I praksis er det ikke lett å gjøre så. For det første er det ikke alltid klart hvorfra en skal line opp to ulike molekyler. Om en flytter et molekyl en underenhet i forhold til et annet, kan det radikalt endre resultatet. Biologiske molekyler inneholder dessuten tusener av underenheter, og hvis mer enn to organismer sammenliknes blir tallene veldig tungvinte. Mange molekylære biologer har tilbragt sine karrierer ved å planlegge og rafinere matematiske metoder for å konstruere molekylære fylogenier. Det er også betydelig uenighet om hvilke metoder som er best. Med det i bakhodet, kan vi ta en kikk på hva vi har fått ut av molekylære fylogenier.
En hval-historie del II
Hvalens forhistorie ansees av noen som darwinistenes beste fossil-scenario. De eldste prøvene består av tenner og en skalle som ligner på en utdødd hyene-lignende pattedyr (mesonychians). Biolog ved Chicago University L.V.Valen foreslo i 1960-årene at moderne hvaler nedstammet fra mesonychians. Blant paleontologer var det konsensus om det i årtier. Men i 1990-årene tegnet molekylære studier et helt annerledes bilde. Ved å sammenligne varierende molekyler fra hvaler med deres motstykke i andre levende pattedyr, konkluderte molekylære evolusjonister at den nærmest levende slektning til hvaler var flodhesten. Mange paleontologer betraktet dette som motstridende med hva en kunne slutte ut fra morfologi (anatomi). Der synes flodhesten nærmere beslektet t.o.m. med andre to-hovede pattedyr som griser og kameler. Men på molekylært grunnlag, hevdet denne 'hval-flod' hypotesen at flodhester var nærmere beslektet med hvaler enn med andre pattedyr.
Noen evolusjonære biologer forble skeptiske. J.E.Heyning skrev i Science: "Tidligere erfaringer viser at en skal være forsiktige med helhjertet å omfavne slike provoserende hypoteser om slektskap. Ikke sjelden synes slike kontroversielle krav å være dårlig understøttet, eller endog bli motsagt når en undersøker dem mer i detalj. Biologene M.A.O'Leary og J.H.Geisler undersøkte 123 morfologiske egenskaper fra 10 levende og 30 utdødde arter og konkluderte at hvaler trolig nedstammer fra mesonychians (bildet), og at 'hval-flod' hypotesen er feilaktig. I 2001 undersøkte et forskerteam i lag med Ph. D. Gingerich og J.G.M. Thewissen ankelbein i atskillige nyoppdagede fossiler og konkluderte at hvaler var nærmere beslektet med tohovede-pattedyr enn med mesonychians. Gingerich teamet konkluderte at det er sannsynlig at flodhester er den nærmeste nålevende slektningen til hvalen." Den amerikanske biologen K.D.Rose pekte på at det gjenstår betydelig uoverensstemmelse mellom morfologisk og molekylært
bevismateriale. Ved å fjerne mesonychians innebar det at likheten i skalle og tenner med hval var resultat av konvergent evolusjon(7) (likheter som ikke antas å ha sammenheng med felles avstamning).
Spørsmålet gjenstår: Om likheter er det primære bevis for felles avstamning, hvordan kan vi vite at de ikke skyldes felles avstamning? Om de opprinnelige fossillikheter ikke var bevis for felles avstamning, hvordan vet vi at molekylære likheter er det? Hvorfor skulle vi stole på noen av hypotesene? Dette har noe å si både for biologer, som trenger å kjenne avstamning til ulike dyrearter og for den enkelte i forhold til selvbilde. La oss se på hvorvidt vi kan si hvorvidt vi er mer beslektet med insekter enn med marker.
Er vi 'nærmere insekter enn marker'?
De enkleste og antatt mest primitive dyr er svamper og maneter. Andre dyrerekker (phyla) er vanligvis blitt inndelt i tre hovedkategorier, vurdert etter anatomiske likheter. I dette skjemaet er virveldyr, hvorav mennesket medregnes, ansett å være mer knyttet til leddyr (skalldyr og insekter) enn til rundormene (nematodes). Morfologisk (anatomisk) er vi av evolusjonister ansett som 'nære kusiner' til insektene, men 'bare' fjerne slektninger til rundormene. Men i 1997 foreslo A.M. Aguinaldo og hennes kolleger en radikal endring av relasjoner mellom dyrerekker ut fra sammenligninger på deres 18s rRNA. I følge den reviderte molekylære fylogenien, er vi ikke mer knyttet til insekter enn til rundormer. (8)
Tydeligvis er ikke Futuymas påstand om at molekylære fylogenier tenderer til å støtte tradisjonelle morfologiske fylogenier tilfelle her. Faktisk er det konflikt mellom resultater fra et større molekyl (28s RNA) fra ribosomene i forhold til det mindre 18s rRNA. Ja, enda verre, resultatene spriker fra laboratorium til laboratorium. Evolusjonsbiologen M. Lynch skrev i 1999: "Klargjøring av fylogenetiske (artsmessige) relasjoner for hovedrekkene av dyr, har vært et vanskelig ett, med analyser basert på ulike gener og t.o.m. analyser basert på samme gener, produserer en variasjon av fylogenetiske trær. (9) Lynch var optimistisk på at med forbedrede metoder, ville molekylære fylogenier for dyrenes hovedrekker bli klargjort. Men til tross for vedvarende anstrengelser fra mange forskere, har konfliktene omkring molekylære fylogenier ikke bare vedvart, men tiltatt i omfang.
I 2002 sammenlignet biolog J.E.Blair og kolleger ved Pennsylvania State University over 100 protein-sammensetninger og konkluderte: "Grupperingen av rundormer med leddyr er et resultat som kom ut fra analyse fra ett enkelt gen (18s rRNA). Resultatet her foreslår varsomhet i å anvende fylogenier på bare ett enkelt eller noen få gener. .. Våre resultater indikerer at insekter (leddyr) er genetisk og evolusjonært nærmere mennesker (virveldyr) enn rundormene (nematodene). (10)
I 2004 analyserte forsker Y.I. Wolf og kolleger ved National Center for Biotechnology Information over 500 proteiner ved hjelp av tre ulike fylogenetiske metoder. De konkluderte at: "majoriteten av metoder .. grupperte insekter i lag med mennesker, til fortrengsel for rundormene (nematodene). Det følgende året analyserte den franske biologen H. Philippe og kolleger 146 gener og 35 arter som representerte 12 dyrerekker (phyla). De konkluderte at deres data grupperte rundormene med leddyrene, til fortrengsel for virveldyrene. (11)
Evolusjonære biologer ved University of Edinburgh, M.Jones og M. Blaxter skrev i anledning Philippes rapport: " Til tross for den betryggende vissheten til lærebøker og 150 års meningsutveksling, forblir den sanne tilhørighet til hovedrekkene (phyla) av dyr kontroversiell. .. De forutså at det molekylære livets tre "ville skyte nye skudd , og nye kontroverser, meget snart. " Allerede i des. 2005 kom det bekreftelse fra biologen A.Rokas med kolleger som brukte to ulike metoder for å analysere 50 gener fra 17 dyregrupper. De bemerket at "ulike fylogenetiske analyser kan komme til motsigelsesfylte slutninger med absolutt støtte/grunnlag". De konkluderte med at "De evolusjonære sammenhengene mellom dyrerekken forble uløste".(12)
Så molekylær fylogeni om dyrenes hovedrekker (phyla) er et rot. Når biologer benytter moekylær fylogeni for å se etter roten på livets tre, blir det enda verre:
Å løsne rota på livets tre
I følge Darwin kan "alle organismer som har eksistert på denne jorda stamme fra samme opprinnelige form." I 1980-årene, var mikrobiolog C. Wose ved University of Illinois-Urgana pioner for bruk av '18s rRNA for å konstruere et omhegnende Livets tre og identifisere den 'universelle felles stamfar'. Ved slutten av 1990-årene hadde seriøse problem oppstått. "Når forskere startet å analysere et mangfold av gener fra ulike organismer, fant de at deres relasjoner til hverandre motsa det evolusjonære livets tre som ble oppnådd fra rRNA analyser alene. (molekylær biologer ved University of California-Los Angeles J.A.Lake, R. Jain og M.A. Rivera) I følge franske biologer H. Philippe og P. Forterre: "Med flere og flere sekvenser tilgjengelig, viste det seg at de fleste protein fylogenier motsa hverandre, så vel som rRNA-treet." (13)
I 1998 skrev Woese: "Ingen konsistent organisme-fylogeni har dukket opp fra de mange individuelle protein-fylogeniene som er produsert så langt." Han konkluderte at mange primitive organismer hadde fått mange av sine gener og proteiner, ikke fra Darwinistisk nedarving med endring, men ved sideveis gen-overføring fra andre organismer. "Den universelle stamfaren", skrev han, er ikke en enhet, men "et samfunn av komplekse molekyler - en slags opprinnelig ursuppe, fra hvilke ulike slag celler dukket opp uavhengig av hverandre." (14)
På omtrent samme tid konkluderte evolusjonær biolog ved Dalhouse University, W.F. Dolittle, at molekylær fylogeni kanskje aldri kunne bli i stand til å oppdage det "sanne livets tre".. ikke fordi de brukte feil metoder eller gale gener, men fordi "livets historie ikke skikkelig kan representeres som et tre." Han konkluderte: "kanskje det ville være lettere og i det lange løp mer produktivt, å gå vekk fra å prøve å tvinge "de molekylære data" inn i en form anskaffet av Darwin. " I stedet for et tre, foreslo Dolittle " en web- eller nett-lignende mønster."(15) Philippe og Forterre foreslo metodologiske foredlinger, som tillot dem å plante om det universelle treet. Men den nye rota var ikke hva alle andre så etter. I det standard darwinistiske scenariet, begynte livet med enkle prokaryote celler (uten kjerne). Men Philippe og Forterre plantet sitt fylogenetiske tre i en mye mer kompleks eukaryot celle (med kjerne). (16)
Kontroversen om livets universelle tre fortsatte. I 2002 foreslo Woese at biologi skulle gå bakom Darwins doktrine med felles avstamning. I 2004 skrev han at " Rota til livets universelle tre er en gjenstand framkommet av å tvinge det
evolusjonære forløpet inn i en tre-representasjon, når den representasjonen er uhensiktsmessig." I 2004 foreslo Doolittle og kolleger å erstatte livets tre med et nett-lignende livs-syntese. I 2005 anbefalte de at "representasjoner annerledes enn et tre skulle undersøkes." I mellomtiden fortsatte andre forskere å forsvare hypotesen om at livets universelle stamfar eksisterte, men var kompleks i stedet for enkel. (17)
I 2004 foreslo Rivera og Lake enda en annen modell. Under formodning av at celler med kjerne oppsto da celler uten kjerne smeltet sammen, sluttet de at "på de dypeste nivåer..er livets tre ,faktisk en livets ring." I en påfølgende kommentar, bemerket biologene W.Martin og T.M. Embley at denne "livets ring" er "i motstrid med synet til .. enkel darwinistisk spredning/atskillelse." (18) Uansett hvilke fordeler disse hypotesene kan ha, står én ting fast: molekylær fylogeni har feilet, helt og fullstendig, i å etablere at universell felles avstamning er sann. Molekylære bevis, lik fossiler og embryo-bevis, er plaget av ufullstendigheter og darwinismen må forutsettes for å kunne forklare det..
Evolusjonær biolog W.F. Doolittle hevdet i 2005 at: "Vi har i atskillige årtier trodd at vår jobb var å avdekke strukturen på livets tre, som vi ikke trengte å betvile. Men i virkeligheten, det vi har holdt på med, er å teste Darwins hypotese at et tre er den fullgode representasjonen av livets historie, tilbake til begynnelsen. Liksom en hypotese, kan den være falsk. . Vi kan ikke slutte til et unikt tre av organismer fra mønsteret av relasjoner mellom genomer, uten å gjøre ytterligere formodninger om evolusjonære prosesser, som bare er formodninger."
Å lese noe inn i ting
På basis av formodningen om at to organismer nedstammer fra en felles stamfar, har deres molekylære forskjeller av og til blitt brukt for å lage kvantitative estimat av hvor lang tid det er siden de ble atskilte linjer. Slike estimat kalibreres mot målte mutasjonsrater i moderne gener og datering fra fossilregisteret. Problemet er at ulike gener muterer med ulik hyppighet og at datering fra fossilmaterialet er uviss.
I en artikkel fra 2004 i 'Trends in Genetics', kritiserte evolusjonsbiologene D. Graur og W.Martin noen divergerende dateringer som ble "oppnådd gjennom feilaktig metodologi på basis av et enkelt kalibreringspunkt" i fossilhistorien, som var "både unøyaktig og ikke-eksakt og i mange henseende ikke-anvendelig og irrelevant."
Selv om mesteparten av kvantitative målinger i vitenskapen inkluderer noe unøyaktighet, så har mye av den molekylære daterings-litteraturen behandlet dette kalibreringspunktet som ett ufeilbarlig absolutt, og produsert en tidslinje som er besnærende, men totalt imaginær." Graur og Martin konkluderte: "Uheldigvis, uansett hvor stor vår tørst for glimt av fortiden kan være, inneholder ikke luftspeilinger noe vann."
Selv om ikke Graur og Martins artikkel var noen generell kritikk av molekylær fysogenetisk datering -heller motsatt, så var de tilstrekkelig frustrert av mangelen på fullstendighet som de opplevde, til å kalle artikkelen: "Reading the Entrails of Chickens." (19) I det gamle Rom, brukte noen sannsigere lever fra ofrede dyr til å fortelle framtiden. Selvsagt så leste sannsigerne sine egne visjoner inn i leveren. Dyre-innvoller er, liksom teblader, stumme. Det er også molekylene i levende organismer når det kommer til å gi bevis for darwinistisk evolusjon. 'Det går rundt og rundt, og hvor det stopper vet ingen'.
Omsatt til .htm-format ved Asbjørn E. Lund